Asal mula Desa Manggari adalah merupakan wilayah Desa Pagundan terdiri dari dua kampung yaitu kampung Oleced dan kampung Buahgama. Sehubungan dengan perkembangan penduduk yang semakin meningkat dan juga dikarenakan jauhnya jarak tempuh dari kampung ke desa, serta agar pembangunan bisa merata ke peloksok daerah, dan juga untuk pengembangan perkotaan. Maka para tokoh masyarakat kedua kampung tersebut bermusyawarah dengan mengadakan rapat untuk melakukan pemekaran dan menjadikan kampung Oleced dan Buahgama menjadi sebuah desa dengan memisahkan diri dari desa induk yaitu Desa Pagundan.
Setelah itu Wedana pembantu Bupati wilayah III Ciawigebang yaitu Bapak Drs. Rustana beserta Camat wilayah Kecamatan Lebakwangi Bapak Ibrahim Ismail, BA., mengadakan penyuluhan kepada warga masyarakat kampung Oleced dan Buahgama maka secara aklamasi seluruh warga masyarakat menyetujui pemisahan diri atau menyepakati untuk dimekarkan menjadi desa secara definitif.
Berdasarkan SK Gubernur Jawa Barat tanggal 05 Oktober 1981 No. 414/13/SK.1785-Pemdes/81 di kabupaten Kuningan telah disetujui dan disyahkan pemekaran desa, termasuk desa Pagundan. Sebagai tindak lanjut SK Gubernur tersebut di atas, maka pemerintah kabupaten Kuningan segera menetapkan Desa Pagundan dan Desa Persiapan Manggari dalam bentuk SK Bupati KDH. TK II Kuningan No. 557/HK.021.1/SK/A/VIII/82 tertanggal 04 Agustus 1982 yang ditandatangani oleh Bapak Bupati yaitu R.H. Sunarjo, SH.
Para panitia pemekaran yang terdiri dari tokoh masyarakat dan aparat desa induk, yaitu : E. Taswan ( seorang pensiunan Polri ) selaku ketua panitia pemekaran mengadakan rapat untuk memilih calon pejabat sementara Kepala Desa Manggari dan akhirnya terpilih Bapak Miharja Jabatan Polisi Desa Manggari menjadi Pjs. Kepala Desa persiapan Manggari.